Son todavía algunas personas que recuerdan haber oído de sus padres o abuelos las barbaridades que sucedieron en los años veinte del siglo XX a raíz de la llamada Guerra Cristera, quizá muchas personas no saben siquiera de estos acontecimientos que enlutaron buena parte del país, especialmente los Altos de Jalisco y el Bajío. Salamanca no fue la excepción. En esta extracción que hago del libro El templo agustino de San Juan de Sahagún en Salamanca de José de Santiago Silva, Ediciones la Rana, Guanajuato 2004, nos podremos enterar con más detalle de lo acontecido:
“Hacia la segunda década del siglo XX la devoción al Señor del Hospital constituía ya un valor de integración social notable; se le construyó un templo al lado del pequeño que lo había albergado en los años precedentes, y que ya no era suficiente para el norme culto que se le dedicaba.
Seguramente hicieron modificaciones sucesivas en los siglos XVIII y XIX, y finalmente en los albores del siglo XX se construyó la parroquia nueva en la que actualmente se encuentra. El autor del proyecto fue, como ya se comentó, el ingeniero Ernest Barton, y concurrieron a la ejecución de la obra y a su decoración los mejores artistas de la región. En 1924 se trasladó la imagen y se dedicó la nueva construcción con diversos actos litúrgicos a los que asistieron numerosos obispos.
En 1926 tuvo lugar otra de las inundaciones que dejó una secuela de destrucción y calamidades, como funesto presagio de lo que sobrevendría en los años subsecuentes. En efecto, la persecución religiosa y la rebelión cristera de 1928 tuvieron en Salamanca episodios dolorosos en los que, como suele ocurrir, en los enfrentamientos bélicos, la población civil sacó la peor parte. Hubo, como era de esperase de una religión de tan acendrado catolicismo, abundante militancia cristera y represiones del ejército federal que alcanzaron a la población en su conjunto. Rojas Garcidueñas consigna algunas de las penurias que se sufrieron en esos aciagos días: las represiones militares a cargo del teniente coronel Carlos Alemán, de los generales Palomera López y Jaime Carrillo, que lo mismo masacraron campesinos indefensos que extorsionaron a personas acomodadas y comerciantes con la imposición de consabido "rescate". Y con tantos sucesos disturbios, las condiciones económicas se fueron agravando hasta dejar a la ciudad cercana a la postración”.